Das WBF tritt an die Stelle des bisherigen Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartements (EVD), das es am Jahresende nahtlos ablöst. Der neue Name trägt der neuen Zusammensetzung des Departements Rechnung, in dem es künftig zwei Staatssekretariate gibt, nämlich das bisherige Staatssekretariat für Wirtschaft (SECO) und das neu geschaffene Staatssekretariat für Bildung, Forschung und Innovation (SBFI). In diesem werden das bis Ende Jahr im Eidgenössischen Departement des Innern (EDI) angesiedelte Staatssekretariat für Bildung und Forschung sowie das dem EVD zugeteilte Bundesamt für Berufsbildung und Technologie (BBT) zusammengeführt.

Auf Anfang 2013 wechselt im Gegenzug das Bundesamt für Veterinärwesen (BVET) vom EVD ins EDI. Und das Integrationsbüro (neu: Direktion für europäische Angelegenheiten) wird ausschliesslich dem Eidgenössischen Departement für auswärtige Angelegenheiten (EDA) unterstellt. Insgesamt bleibt so die Zahl der Stellen im neuen WBF etwa gleich wie im bisherigen EVD.

Die Namensänderung des Departements wirkt sich u. a. auf den Namen der Homepage aus (ab 1.1.13: www.wbf.admin.ch) wie auch auf die Mailadressen des Generalsekretariats (...@gs-wbf.admin.ch).